“Инноваци нь нийгмийн хариуцлага бүхий байгуулагаас тухайн байгууллагын зорилт болон чиг үүргийн хүрээнд нийгэмд чиглэсэн үйл ажиллагааг шинэ хэлбэр буюу өргөн хүрээнд өөрчлөлт хийх хэлбэрээр нэвтрүүлэх, хэрэгжүүлэх үйл ажиллагаа” юм. Өөрөөр хэлбэл инноваци нь тухайн байгууллагын үйл ажиллагааг хөтлөн явуулах процессийг шинэчлэн өөрчлөхтэй холбоотой байна.Мөн төрийн байгууллагууд нь төрөл, статус, чиг үүргээсээ хамаарч олон талт үйл ажиллагаа явуулж байдаг тул тухайн байгууллагын зорилго, чадамж болон соёл нь инноваци хэрхэн хэрэгжих вэ гэдэгт нөлөөлөх гол хүчин зүйл бөгөөд байгууллагын гадаад хүчин зүйлийн хамт инновацийн төсөл хэрэгжүүлэх орчинг бүрдүүлдэг учир төрийн байгууллагад инноваци хэрэгжүүлэхэд дараахь асуудлуудад мөн онцлон анхаарах нь зүйтэй гэж үзэж байна. Үүнд: 1.    Инноваци нь байгууллагын стратегийн бодлого, төлөвлөлтийн салшгүй нэг хэсэг байх ёстой. Тухайлбал байгууллагын стратеги төлөвлөгөөнд инновацийн сонголт, шийдлүүдийг тодорхойлох, хэрэгжүүлэх стратегийг тусгасан байх; 2.    Мэдээллийн урсгалыг инновацид нөлөөлдөг, засаглалын инновацийг эрс сайжруулах гол нэг хүчин зүйлийн нэг гэж үздэг тул төрийн байгууллагуудын хооронд мэдээлэл солилцох, бодлого боловсруулах, хэрэгжүүлэхдээ нээлттэй ил тод байх соёлыг нэвтрүүлэх; 3.    Төрийн байгууллагад инновацийн соёлыг бий болгох явдал нь байгууллагын дарга болон удирдах албан тушаалтнуудаас манлайллыг шаардана.  Ялангуяа инновацийг төрийн байгууллагын үнэт зүйл гэж үзэн, байгууллагын дотоодод болон байгууллага хооронд практик асуудлаар хамтран ажиллах хэлбэрийг дэмжиж, шинэ санаа гаргахад нээлттэй байх, санал солилцох хөтөлбөрийг ашиглах замаар нөлөөлөх, албан хаагчдыг инновацийн үйл ажиллагаанд татан оролцуулах; 4.    Инновацийг түгээх, нэвтрүүлэх үйл ажиллагааны үнэт зүйлс нь урт хугацаанд бий болдог тул төрийн байгууллага нь инновацийг хүлээн зөвшөөрөх, амжилтыг онцлон тэмдэглэх, сайн туршлагыг түгээх механизмыг хэрэгжүүлдэг байх. Монгол улсын Үндэсний татварын албаны хувьд төрөөс “Хувийн хэвшил тэргүүлсэн эдийн засгийн эрчимтэй өсөлт, монгол хүний хөгжил, түүний дотор эрүүл мэнд, боловсрол, шинжлэх ухаан, технологи, байгаль орчны тогтвортой хөгжлийг тэргүүлэх чиглэл болгон, хүнийг оюунжуулж, чадваржуулах, өндөр технологи, байгаль орчинд халгүй үйлдвэрлэл, үйлчилгээг эрхэмлэн өсөлтөө хангадаг мэдлэгт суурилсан эдийн засагтай болох зорилт”-ыг дэвшүүлэн хэрэгжүүлж эхлээд байгаа энэ үед үйл ажиллагаандаа дүн шинжилгээ хийж, цаашид авч хэрэгжүүлэх үйл ажиллагааныхаа зорилтуудыг тодорхойлон ажиллаж байна. Тухайлбал “Үндэсний татварын албаны хөгжлийн дунд хугацааны зорилтот хөтөлбөр /2011-2013 он/”-ийг батлан хэрэгжүүлж байна. Энэ хөтөлбөрөөр Монгол Улсын Татварын алба “Үндэсний татварын албаны хөгжлийн дунд хугацааны зорилтот хөтөлбөр”-өөрөө “Хууль тогтоомжоор хүлээсэн үүргээ шударгаар биелүүлж, мэдээллийн технологийн орчин үеийн ололт амжилт, мэдлэгт түшиглэн татварын албаны чадавхийг бэхжүүлж, гадаад харилцааг өргөжүүлэн дэлхийн жишигт нийцсэн цахим татварын алба болох” зорилгыг дэвшүүлж, дараахь 7 бүлэг зорилтыг хэрэгжүүлнэ. Үүнд: 1.    “Орчин үеийн эдийн засгийн харилцаанд нийцүүлэн татварын эрх зүйн орчныг боловсронгуй болгох” 2.    “Үндэсний татварын албыг хөгжүүлэн дэлхийн жишигт хүргэх зорилго нь мэдээллийн технологийн орчин үеийн ололт амжилтад суурилсан, цахим татварын алба болоход оршино” гэж үзэж, албаны мэдээллийн технологид дэвшилтэд шинэ технологи нэвтрүүлэх” 3.  “Татварын албаны үндсэн үйл ажиллагааны технологийг боловсронгуй болгож, татвар ногдуулалт, хураалтыг сайжруулснаар татварын орлогын бүрдүүлэлтийг эрс нэмэгдүүлэх” 4.    “Далд эдийн засгийг бууруулахад татварын албаны үүрэг оролцоог нэмэгдүүлж, эрсдлийн удирдлагыг хөгжүүлж, татварын хууль, тогтоомжийн хэрэгжилтэд тавих хяналтыг сайжруулснаар татварын суурийг өргөжүүлэх” 5.    “Татвар төлөх нийгмийн сэтгэлзүйг төлөвшүүлж, татвар төлөгч бүрт хүрсэн татварын цогц үйлчилгээг бий болгох” 6.    “Татварын албаны хүний нөөцийн бодлогод эрс шинэчлэл хийж, дэлхийн жишигт нийцсэн өндөр мэдлэг, ур чадвартай, хөрвөх чадамж бүхий мэргэжлийн хүчирхэг нөөц бий болгох сургалтын хөтөлбөрийг хэрэгжүүлэх, ажилтнуудын нийгмийн баталгааг хангахад бүхий л талаар дэмжлэг, туслалцаа  үзүүлэх” 7.    “Татварын албаны чадавхийг бэхжүүлж, гадаад харилцааг өргөжүүлэн хөгжүүлж, цахим технологи, мэдлэгт суурилсан татварын удирдлагыг бий болгон бэхжүүлэх” Эдгээр зорилтыг хэрэгжүүлэх үйл ажиллагаа нь үндсэндээ Үндэсний татварын албыг дэлхийн жишигт хүргэх суурь болох, инновацийг чиглүүлэх  гол асуудлууд гэж үзэж байна. Иймд дээрх зорилтуудыг хэрэгжүүлэхэд дэмжлэг үзүүлэх, гадаад орнуудын туршлагыг нэвтрүүлэх замаар Үндэсний татварын албаны үйл ажиллагааг боловсронгуй болгох чиглүүлэн инновацийн тогтолцоог бүрдүүлэн хэрэгжүүлж эхлэх зорилгоор “Үндэсний татварын албаны инновацийн дэд хөтөлбөр”-ийн төслийг боловсруулаад байна.